1999. Una remota miniera nella jungla delle Filippine collassa svelando al suo interno i resti fossilizzati altamente radioattivi di qualcosa molto grande e molto antico. Una coppia di scienziati agli ordini di una segreta organizzazione governativa, il Dott. Ishiro Serizawa e la D.ssa Vivienne Graham, arrivano sul luogo per esaminare la reliquia. I due sperano di trovare nella caverna le prove dell'esistenza di una mitica creatura: il predatore Alfa "Godzilla". Nel frattempo, a Nord del Mar della Cina, una serie di tremori scuote l'impianto nucleare di Janjira, dalle parti del distretto di Tokyo. L'ingegnere nucleare Joe Brody e sua moglie Sandra lavorano entrambi come scienziati all'impianto e quando i tremori della terra si fanno più frequenti e potenti Joe, che ha riscontrato schemi sonori anomali durante il fenomeno, lancia l'allarme per far chiudere l'impianto nucleare, ma nessuno gli dà ascolto. Fino a quando la catastrofe annunciata si avvera. Quindici anni dopo, Ford Brody, ufficiale della Marina specializzato nel disarmare bombe e figlio di Joe e Sandra, si è appena riunito con la moglie e il figlio di 4 anni Sam a San Francisco quando viene chiamato ad aiutare suo padre in difficoltà in Giappone: Joe, infatti, è arrivato quasi al punto di riuscire a provare che le potenti forze, che hanno distrutto la centrale di Janjira nel 1999, si stanno ripresentando e le dichiarazioni di perdita di radiazioni sono solo menzogne messe in atto dal governo, architettate per nascondere la verità: qualcosa ha trovato nutrimento dai reattori nucleari della centrale e dopo 15 anni si sta risvegliando. Ford diventerà così testimone di una colossale scia di distruzione che culminerà nella città di San Francisco, trasformata in un campo di battaglia a misura di mostro, dove il Predatore Alfa e le sue prede malvagie scateneranno tutta la loro furia in una battaglia epica per il sopravvento, con il futuro dell'umanità appeso a un filo...