Thomas Anderson (aka Neo) è sì nel mondo reale ma ancora tormentato da sogni e visioni a cui non riesce a dare un significato logico. Temendo di avere problemi psicologici, decide di raccontarli al suo analista per cercare di comprenderli. Sembra non ricordare molto del suo passato (tanto da incontrare Trinity e non riconoscerla) e le visioni si fanno sempre strane e frequenti. Quest'ultime gli permettono però di capire che in realtà egli si trova incastrato in una falsa realtà. L'incontro con alcuni personaggi ed altre vicissitudini contribuiscono a riportare Neo alla consapevolezza che ciò che lo circonda non è quel che sembra...