Italia 1600. Michelangelo Merisi è un artista geniale e ribelle nei confronti delle regole dettate dal Concilio di Trento che tracciava le coordinate esatte nella rappresentazione dell'arte sacra. Dopo aver appreso che Caravaggio usava nei suoi dipinti sacri prostitute, ladri e vagabondi, Papa Paolo V decide di commissionare a un agente segreto del Vaticano una vera e propria indagine, per decidere se concedere la grazia che il pittore chiedeva dopo la sentenza di condanna a morte per aver ucciso in duello un suo rivale in amore. Così l'Ombra, questo il nome dell'investigatore, avvia le sue attività di inchiesta e spionaggio per indagare sul pittore che - con la sua vita e con la sua arte - affascina, sconvolge, sovverte. Un'Ombra che avrà nelle sue mani potere assoluto, di vita o di morte, sul destino di un genio.