A cavallo tra due realtà parallele, quella della Londra contemporanea e quella di Meanwhile City - metropoli fantascientifica governata dal fanatismo religioso - Franklyn racconta la storia di quattro personaggi le cui vicende si incrociano per una serie di bizzare coincidenze. Esser è un uomo disperato in cerca del proprio figlio nelle dure strade dei senzatetto di Londra; Milo è un trentenne con il cuore spezzato alla disperata ricerca della purezza del primo amore; Emilia è una bellissima studentessa d'arte con tendenze suicide; Preest è un vigilante mascherato alla ricerca del suo nemico per le buie strade di Meanwhile City. Quattro personaggi che appartengono a mondi distanti. E ben presto questi mondi saranno destinati alla collisione. La traiettoria di un singolo proiettile deciderà la sorte di queste quattro anime perse che finiranno per andare incontro ad un destino comune...