I Boxtrolls sono una comunità di creature bizzarre e dispettose, che hanno amorevolmente adottato e cresciuto un ragazzino orfano, Uovo, fin dall'infanzia nella splendida casa nelle caverne che hanno costruito sotto i viottoli di Pontecacio. Qui vivono una vita felice ed armoniosa, lontano dalla società; i residenti snob della cittadina di epoca vittoriana sono ossessionati dalla ricchezza, dalla classe sociale, e dal benessere... ma soprattutto dai formaggi puzzolenti. Lord Gorgon-Zole, il sindaco de facto, detta legge circondato dai suoi uomini snob e d'élite delle Tube Bianche. Come tutti gli altri, crede alle leggende spaventose sui Boxtrolls, divulgate in lungo e in largo per oltre un decennio dal malvagio Archibald Arraffa. Determinato a ottenere il consenso delle Tube Bianche, Arraffa ha imprigionato il geniale inventore e amico dei Boxtrolls Herbert Trubshaw, e ha reclutato una banda nota come 'Tube Rosse' per catturare tutti i Boxtrolls. Delle Tube Rosse fanno parte l'implacabile Mr. Nervetto, il goffo Mr. Pasticcio, e l'impassibile Mr. Trota. Pur mantenendo unita la loro comunità sotterranea, la spazzatura degli umani diventa il tesoro dei Boxtrolls. I Boxtrolls indossano scatole di cartone riciclato come gusci di tartarughe. Questa comunità gentile e ingegnosa raccoglie i rifiuti immergendosi nei cassonetti per trasformarli in invenzioni strepitose. Assieme alla sua famiglia di Boxtrolls, mettendosi sempre più in pericolo perché malvista dai cittadini di Pontecacio, e ostacolato dal regime pericoloso di Arraffa, Uovo deve avventurarsi fuori terra, "alla luce", dove incontra e si allea con una ragazzina undicenne ma straordinariamente grintosa, Winnie - la figlia di Lord Gorgon-Zole. Uovo e Winnie escogitano insieme un piano audace per salvare i Boxtrolls da Arraffa, imbarcandosi in un'avventura fatta di follia ed affetto, che dimostra che gli eroi non hanno forme né dimensioni - possono anche essere rettangolari.