Dieci anni dopo i violenti scontri del Golden Gate di San Francisco, le scimmie geneticamente evolute guidate da Cesare, il loro provvidenziale leader, si sono rifugiate nella foresta di Muir, appena fuori città, dove hanno dato vita a una nuova comunità che con il passare degli anni si è sempre più moltiplicata e sviluppata. Nel frattempo, una pandemia scatenata dal virus Simian, ha spazzato via dal mondo gran parte della popolazione umana costretta ora a far fronte alle difficoltà di sopravvivere nel nuovo corso post-apocalittico. Uno spiraglio di salvezza è rappresentato dalla vecchia diga: riassestandola, questa è la speranza, si potrebbe riacquistare un bene preziosissimo come l'elettricità. La diga, però, si trova nel cuore del regno delle scimmie. Le due specie entreranno così in contatto e ben presto si troveranno a lottare per il dominio del pianeta...