Michelangelo, Donatello, Leonardo, Raffaello tornano a combattere. Questa volta la battaglia è contro il più cattivo dei cattivi e al loro fianco ci sono ancora April O'Neil e Vern Fenwick più un nuovo arrivato: il vigilante mascherato da gocatore di hockey Casey Jones. Dopo la sua fuga, il supercriminale Shredder unisce le proprie forze allo scienziato pazzo Baxter Stockman e ai due sciocchi scagnozzi, Bebop e Rocksteady, per scatenare un piano diabolico alla conquista del mondo. Quando le tartarughe si preparano ad affrontare Shredder e il suo nuovo team, si trovano di fronte, però, a un male ancora più grande ma con simili intenzioni: il famigerato Krang.