Shelter è la storia di Pepsi, militante transessuale nata nel Sud delle Filippine in un'isola di fede musulmana. Dal Mindanao alla giungla di Calais, Pepsi rincorre il riconoscimento di un diritto universale, vivendo l'odissea dell'accoglienza in Europa.
Pepsi è un individuo in transizione alla ricerca di un impiego stabile come badante, dopo aver lavorato per oltre 10 anni nella Libia di Gheddafi come infermiera, prima di essere costretta a seguire il flusso dei rifugiati. Ha cambiato più volte nome. Nel film non rivela il suo, e decide di non mostrare il proprio volto. Il suo racconto diventa quello di una maschera, mentre lotta per la propria identità.