Quattordici anni dopo il Third Impact, Asuka e Mari sono in missione per conto della società Wille allo scopo di recuperare l'Eva 01. A bordo, infatti, si trova Shinji, sigillato dalla Nerv in un sarcofago e abbandonato nell'orbita terrestre. Il recupero si rivela più difficoltoso del previsto, soprattutto a causa degli attacchi del sistema di sicurezza messo a punto dalla Seele, ma alla fine Shinji viene condotto a bordo della Wunder, la corazzata della flotta della Wille, comandata da Misato e Ritsuko. Tuttavia, sulla nave Shinji viene trattato con freddezza e, quando chiede informazioni di Ayanami, si sente rispondere che la ragazza non esiste più. Il giovane non capisce nulla della situazione che lo circonda e anche l'incontro con Asuka si rivela piuttosto traumatico poiché tutti lo considerano responsabile del Third Impact...